交叉污染是指经过人员往返、工具运输、物料传递、空气流动、设备清洗与消毒、岗位清场等途径，将不同种尘粒混入导致污染；或因人为、工器具、物料、空气等不恰当的流向，使洁净度低的区域的传染物传入到洁净度高的区域，而造成交叉污染。那么，如何防止交叉污染呢？
1.合理布局空间面积
合理布局首先要理顺工艺流程，避免迂回往返。工作室的平面空间应合理，既有利于操作，又便于维修，不应预留闲置空间和面积。合理的空间和面积，也有利于合理的分区，防止混杂事故。
应该引起注意的是：洁净室并非越大越好，面积和空间的大小关系着送风量的多少，决定着空调能耗的大小，影响工程的投资。但洁净室的空间面积也不可太小，太小可能不便于操作、维修。所以，设计合理的空间面积应考虑到设备操作、维修的需要。生产区和储存区应有与生产规模相适应的空间面积，用以安置设备、物料，便于操作和维修。一般洁净室高度控制在2.60米，对个别较高的设备可在局部加高，而不宜全面提高洁净区的高度。车间内部应设有物料的中间站，其面积足以存放物料、中间产品、待验品和成品，且便于明确分区，以最大限度地减少差错和交叉污染。
2.提高设备等级
设备的材质、加工精度、密闭程度以及管理制度都与交叉污染有关。所以除了合理布局外，提高设备的自动化水平和组成联动的生产线，以减少操作人员，降低人员的活动频率，是防止交叉污染的必要措施。
3.分设空调净化系统
洁净室的空调净化系统应根据不同的洁净等级分设。对不同洁净度等级的洁净室，产生粉尘和有害气体的洁净室，被排介质毒性大的、有易燃易爆气体的岗位，应单独设局部排风系统。洁净室的排风口应有防倒灌装置。送风和排风的启闭应有连锁装置。
4.严格看着人流物流
洁净室应设专门的人流物流通道。人员应按规定的净化程序进入，并应严格控制人数。对于物料可在除去浮尘后拆去外包通过缓冲间或者传递柜进入。不同洁净等级的洁净区物品则通过传递窗传送。中间站宜设在中心位置，以便缩短运送距离。洁净区内不设与本岗位无关的通道。充分利用上下或周围的技术夹层，所有共用管道、工艺管道的主干管均在技术夹层安装。穿越地面、隔墙的管道尽可能靠近使用电并敷设套管，套管内的管道不应有焊缝，管道与管道之间应有可叉的密封措施。进入洁净室的管道应为不锈钢材质。
